Зал сравнительной анатомии, или как его кратко называют Костный зал, с самого момента постройки нового здания музея в 1902 г. был отведен для показа анатомических коллекций. Сначала он принадлежал Кабинету сравнительной анатомии Московского университета, впоследствии преобразованному в Институт сравнительной анатомии. В этом зале до 1931 г. размещался музей института со своей экспозицией, затем он был присоединен к Зоологическому музею, но основное содержание его экспозиции сохраняется и по сей день. Сейчас это Зал эволюционной морфологии, в котором можно увидеть многие экспонаты, изготовленные сотрудниками Кабинета более ста лет тому назад.